Üsküdar Üniversitesi 10. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresinde anlattı…

Üsküdar Üniversitesi öğretim üyeleri, Zoom uygulaması üzerinden gerçekleştirilen 10. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi’ne katıldı. Prof. Dr. Muhsin Konuk, Doç. Dr. Mesut Karahan, Dr. Öğr. Üyesi Cihan Taştan, Doç. Dr. Pınar Öz ve Dr. Öğr. Üyesi Ebru Özkan Oktay’ın katıldığı kongrede, ‘Biyoteknolojide Güncel Konular’ başlıklı oturum Prof. Dr. Muhsin Konuk’un başkanlığında gerçekleşti. 

Prof. Dr. Muhsin Konuk; “İn silico çalışmalarının ve bilgisayarların bize ne kadar yardımcı olduğunu da ortaya koymuş olduk”

Oturumun kapanış panelinde yapılan sunumlar üzerine değerlendirmelerde bulunan Üsküdar Üniversitesi Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Muhsin Konuk; “Gerçekten çok güzel özellikle uluslararası bir ağ tarafından ağ dahilinde ya da network dahili içerisinde böyle çalışmalar yapıyorsunuz. Bugünkü panel ile bize bir şekilde de yani Ebru hocanın tabiri ile ıslak laboratuvara daha girmeden aslında ıslak laboratuvarda bir sürü kimyasal ve benzeri şeylerin saf malzemeyi kullanmadan, cihazı kullanmadan, enerji sarf etmeden çünkü orada bildiğiniz gibi hep deneme yanılma ya da kafadaki bazı teorilerin denenmesi şeklinde ilerleyen çalışmaların artık hedeflenmiş bir çalışma haline dönüştürülmesinde in silico çalışmalarının ve bilgisayarların bize ne kadar yardımcı olduğunu da ortaya koymuş olduk. Ben bütün konuşmacı arkadaşlarıma bizleri dinleyen bütün katılımcı arkadaşlarımıza ve bu programı düzenleyen düzenleme ekibine, kongre düzenleme ekibine tekrar tekrar teşekkür ediyorum.” şeklinde konuştu.

Doç. Dr. Pınar Öz; “İlk farklılaşma asimetrik bölünmeyle oluyor”

‘Yetişkin Nörogenezin in silico modelleri’ konusu üzerine sunumunu gerçekleştiren Üsküdar Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Öğr. Üyesi Doç. Dr. Pınar Öz; “Yetişkin nörogenez dediğimiz zaman aslında memeli beyninde embriyonik gelişiminden sonra süregiden yeni nöro üretiminden bahsediyoruz. Yetişkin nörogenezin beyinde yapısal ve fonksiyonelin özgür bir formu olarak devam ettiğini söyleyebiliriz. Embriyonik nörogenezin farklı süreçlerle devam eden ve beyinin sadece sınırlı bölgelerinde karşımıza çıkan bir süreçtir. Yetişkin nörogenezdeki süreçlere baktığımız zaman burada önce kök hücre havuzundan bahsediyoruz. Yaşla beraber sessizlik haline geçtiğini görüyoruz. Sık bir simetrik bölünmeyle kendini yenileme, asimetrik bölünmeleri farklılaşarak hızlı bir şekilde nöron oluşumuna yol açacak olan süreci başlattığını görüyoruz. Asıl havuzumuz radyal geriye hücresidir. İlk farklılaşma asimetrik bölünmeyle oluyor. Farklı hücre tiplerinin de oluşması mümkün. İkinci ara basamak olan hücreler çoğunlukla geçici dediğimiz hücreler. Çok hızlı bir şekilde bölünen ve farklılaşan hücrelerdir ve farklılaşmayan hücrelerin de öldüğü geçici popülasyonu burada bahsediyoruz. Üçüncü popülasyonumuzsa bir önceki aşama olarak değerlendirebileceğimiz nöroplazmalar. Hızlı bir farklılaşma sürecinden sonra immatür olgunlaşmamış nörona ulaşıyoruz.” ifadelerini kullandı.

Dr. Öğr. Üyesi Cihan Taştan; “Genetik tedaviler aslında multidisipliner bir yaklaşım gerektiriyor”

Son yıllarda gelişen mühendislik yöntemlerinin biyoendüstriyi nasıl şekillendirdiğine dair bilgiler veren Üsküdar Üniversitesi Transgenik Hücre Teknolojileri ve Epigenetik Uygulama ve Araştırma Merkezi (TRGENMER) Direktörü Dr. Öğr. Üyesi Cihan Taştan; “Genetik tedaviler aslında multidisipliner bir yaklaşım gerektiriyor. Hem doktor yani tıp çalışanlarının hem de moleküler biyoloji ve genetik alanında uzmanlaşmış insanların bir arada çalışması sonucunda ortaya çıkacak tedavilere biz genetik tedaviler diyoruz. Burada amaç özellikle hastanın vücudunda çalışmayan organ, doku veya hücrelerdeki spesifik proteinleri üretmek veya bu proteinleri kodlayan genlerde bir mutasyon olduysa son yıllarda gelişen en etkin genetik mühendislik teknikleriyle bunları tedavi etmek ki bunların başında CRİSPR gen mühendisliği geliyor ve daha sonra bu genetik tedavi yöntemlerini tasarladıktan sonra hedef doku, hücre veya organlara spesifik olarak transfer edebilmek de yine bu genetik tedavi yönteminin en önemli parçalarından biridir. Bütün genetik tedavi çalışmalarını bir araya getirdiğimizde özellikle şu an dünyanın en pahalı ilacı statüsünde bulunan SMA hastalığındaki genetik tedavi ilacı yaklaşık 2 milyon dolarlık bir ilaç ama içeriğine baktığımızda bu sadece SMA hastalığına sebep olan SMN1 geninin bir işlevsel kopyasını adeno-associated virüs dediğimiz bir virüs tarafından motor nöron hücrelere aktarılması tekniğine dayanıyor. Tabi bunun üretilmesi takibi sürecinde de büyük bir know-how gerektiği için fiyatlar bu kadar pahalı hale gelebiliyor. Türkiye’de de özellikle genetik tedavi ürünlerini geliştirmek noktasında Üsküdar Üniversitesi’nde kurulan Transgenik Hücre Uygulama ve Araştırma Merkezimizin de özellikle misyonu bu genetik tedavi yöntemlerinin araştırılması, yeni patentlerle yeni ürünlerle Türkiye’de üretilmesidir.” dedi.

Doç. Dr. Mesut Karahan; “Karşılaştırdığımızda minimum yüz kat daha ucuz bir teknolojiden bahsediyoruz”

‘Peptit Bazlı Aşı Modelleri’ başlıklı sunumunda peptit aşıların avantajlarından bahseden Üsküdar Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Müdürü Doç. Dr. Mesut Karahan; “Sentetik peptit aşıların avantajı ne olabilirdi ki şu anki aşılara alternatif olabilsin?  Temel düşünce buydu aslında. Nano yapılı biyopolimerler veya nano yapılı olmadan önce biz biyopolimerleri adjuvant olarak kullanmıştık. Tabi teknoloji geliştikçe nano yapıya çevirerek bu sefer nano yapılı polimerlerimize peptitleri yükleyerek bu şekilde oluşturmaya çalıştık ve bizim aşılarımız hiçbir şekilde canlı virüs içermiyordu, bu bizim için çok büyük bir avantajdı. Çünkü soğuk zincire de ihtiyacımız yoktu ve istediğimiz kadar saklama şansına sahiptik. Değişik adjuvant kullanma şansına sahibiz. Biz genelde az önce de söylediğim gibi biyopolimerlerle başladık, bu polimerlerin adjuvant etkisi olanları özellikle bazı özelliğe sahip olan biyopolimerleri kendimiz sentezleyip adjuvant olarak kullanmıştık. Sonrasında nanopartiküllere artık bir dönüş oldu. Biliyorsunuz şu anda çok güncel konular nanopartiküllerle yapılan çalışmalarda, bizde onlara ayak uydurmuştuk, iyi sonuçlarda elde etmiştik ve toksisitelerinin olmaması ve T hücrelerine bağımlı olmamalarının birçok avantajı var. Bence en önemli avantajı şu anda bu ekonomik anlamda yaşanan, dünya genelinde yaşanan bu krizde herhalde en önemli şey maliyettir ve bunun maliyeti çok düşük çünkü bir peptitle çalışıyorsunuz, herhangi bir canlı ile çalışmıyorsunuz, herhangi bir laboratuvar ortamında yapabileceğiniz bir çalışma, dolayısıyla maliyetini diğer aşılar ile karşılaştırdığımızda minimum yüz kat daha ucuz bir teknolojiden bahsediyoruz.” şeklinde konuştu.

Dr. Öğr. Üyesi Ebru Özkan Oktay; “Yazılım araştırma seçimi de aslında önemli bir nokta”

Moleküler biyolojide in silico uygulamalarını örnekleri ile açıklayan Üsküdar Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Laboratuvar Teknolojisi Program Başkanı Dr. Öğr. Üyesi Ebru Özkan Oktay; “Bir aminoasit değişikliğinin herhangi bir etkisi olmayabileceği gibi proteini işlevsiz hale de getirebilir. Biz yaptığımız in silico analizlerle bu olası etkiler ne olabilir diye yazılım araçları kullanarak bunları tahmin ediyoruz. Yani herhangi bir aminoasit değişiminde proteindeki fonksiyon ya da sterilizasyon yapı nasıl değişebilir, etkisi ne olabilir essentiallerin, bunları analiz etmiş oluyoruz. Şimdi bu in silico essential analizlerinden yine kısaca bahsetmek istiyorum. Çeşitli biyoinformatik araçlar kullanıyoruz tabi ki bu amaçla.  Aslında in silico essential analizi daha çok iki tane iki farklı şekilde karşımıza çıkıyor. Bunlardan birincisi ıslak laboratuvar teknikleriyle daha fazla araştırma yapmadan önce bir gendeki potansiyel zararlı essentialleri taramak için kullanabiliyoruz. Yani hedef bir gendeki essentialleri önce belirliyoruz. Sonra bu essentialleri protein yapısı, fonksiyonu, sterilizasyonu üzerine etkileri, proteinlerin üç boyutlu yapısı üzerindeki etkisi nedir? Bunlar modeller oluşturularak tahmin edilebiliyor. İkincisi de tüm ekzon dizisinden elde edilen essentiallerde in cellic olarak değerlendirilebiliyor. Bu amaç nerede kullanılıyor? Ben şimdi ilkinden bahsetmek istiyorum size. Yani hedef bir gen örneğin önemli bir yolakta veya bir hastalıkla bağlantısı olan bir gen olabilir. Bu gendeki essentiallerin in silico analizi için şöyle bir iş akışı izliyoruz. İlk önce veri eldesi gerçekleştiriliyor. Gendeki tüm essentialler aynı zamanda protein, aminoasit dizisi gibi bilgiler, veriler elde ediliyor. Sonrasında zaten bu birimler yazılım araçlarında girdi olarak kullanılıyor. Fonksiyonel analizler ve essentiallerin hastalıkla ilişkisi üzerine çeşitli yazılım araçları var. Bu yazılım araştırma seçimi de aslında önemli bir nokta.” dedi.

Üsküdar Haber Ajansı (ÜHA)