Sağlık Bilimleri Enstitüsünde lisansüstü eğitim, 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda “Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitüleri Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği” ve “Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği” hükümlerine uygun olarak hazırlanan ve 08. 01. 2014 tarih ve 28876 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan “Üsküdar Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği” çerçevesinde yürütülmektedir.

Sağlık Bilimleri Enstitümüz, seçkin öğretim kadrosu ile Üniversitemizin davranış ve sağlık bilimleri alanlarındaki deneyim ve bilgi birikimini kullanarak, ulusal ve uluslararası düzeyde tercih edilen, saygın, yaratıcı ve evrensel bilime katkı yapan bilim insanları ve alanında yetkin uzmanlar yetiştirmeyi amaçlamaktadır.

Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde;

Bağımlılık Danışmanlığı ve Rehabilitasyon Yüksek Lisans Programı  (Tezli/Tezsiz)

Beslenme ve Diyetetik Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

Çocuk Gelişimi Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

Dil ve Konuşma Terapisi Yüksek Lisans Programı (Tezli)

Ebelik Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

Ergoterapi Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

Hemşirelik Ana Bilim Dalı Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

- Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği

- İç Hastalıkları Hemşireliği

- Kadın Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği

- Psikiyatri Hemşireliği

- Toplum Ruh Sağlığı Hemşireliği

•İş Sağlığı ve Güvenliği Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

•Nörobilim (Türkçe) Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

•Nörobilim (İngilizce) Yüksek Lisans Programı  (Tezli/Tezsiz)

•Perfüzyon Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

•Sağlık Bilişimi Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

•Sağlık Yönetimi Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

•Sosyal Hizmet Yüksek Lisans Programı (Tezli/Tezsiz)

ile

•Dil ve Konuşma Bozuklukları Terapisi Anabilim Dalı Doktora Programı

•Hemşirelik Anabilim Dalı Doktora Programı

•Moleküler Nörobilim Anabilim Dalı Doktora Programı

•Nörobilim Anabilim Dalı Doktora Programı

•Sağlık Yönetimi Anabilim Dalı Doktora Programı

•İş Sağlığı ve Güvenliği Anabilim Dalı Doktora Programı

•Klinik Anatomi Anabilim Dalı Doktora Programı

•Fizyoloji Anabilim Dalı Doktora Programı

yer almaktadır.