Dr. Simge Arkan Özdemir’in çalışması ile yeni bir bakteri cinsi keşfedildi
Üsküdar Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Podoloji Program Başkanı Dr. Öğr. Üyesi Simge Arkan Özdemir’in doktora tez çalışması kapsamında, uçak yakıtından alınan örneklerden yeni bir bakteri cinsi ‘Facivitalis istanbulensis’ keşfedildi. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Prof. Dr. Esra Sungur’un danışmanlığında yürütülen çalışmada İstanbul Üniversitesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Miray Onan da yer aldı. 3 yıllık çalışma sonucu bulunan yeni cins dünya literatürüne kazandırıldı. Yeni bakterinin çevre kirliliğini önleme ve sürdürülebilir enerji üretimi gibi kritik alanlarda kullanılması hedefleniyor.
Dr. Öğr. Üyesi Simge Arkan Özdemir’in doktora tez çalışması kapsamında tespit edilen bakteri, polifazik yaklaşımla tanımlandı ve ‘Facivitalis istanbulensis’ adını aldı.
Çalışma dünya literatürüne kazandırıldı
3 yıllık çalışma sonucu bulunan yeni cins ve bu cinse ait ilk tür, mikroorganizmaların taksonomisi konusunda yetkin ve saygın bir yeri olan ‘Antonie van Leeuwenhoek’ dergisinde basılarak dünya literatürüne kazandırıldı.
Ayrıca ulusal ve uluslararası basında da bu yeni keşfe yer verildi.
Zorlu koşullarda hayatta kalmaya katkıda bulunabilecek benzersiz genler tespit edildi…
Yapılan ileri düzey moleküler analizler ile Facivitalis istanbulensis bakterisinde çeşitli stres etkenlerine, virülans ve patojeniteye karşı mücadeleye ve zorlu koşullarda hayatta kalmaya katkıda bulunabilecek benzersiz genler tespit edildi. Bu genlerden bazılarının işlevleri ise henüz açıklığa kavuşturulmadı.
Yeni bakterinin çevre kirliliğini önleme ve sürdürülebilir enerji üretimi gibi kritik alanlarda kullanılması hedefleniyor.
Bakterinin genomunda 100 geni içerdiği ortaya konuldu…
Ayrıca Facivitalis istanbulensis suşunun HADEG (Hidrokarbon Aerobik Degradasyon Enzimleri ve Genleri) veri tabanı kullanılarak biyoinformatik ortoloji analizi gerçekleştirildi.
Bakterinin genomunda, hidrokarbonların bozunumunun metabolik süreçlerinde yer alan proteinleri kodlayan 100 geni içerdiği ortaya konuldu.
Bu metabolik süreçler arasında en belirgin olarak aromatiklerin bozunumu (%58) yer almakta olup, bunu alkanların bozunumu (%18), plastiklerin bozunumu (%9), alkenlerin bozunumu (%7) ve biyosürfaktan üretimi (%4) izlemektedir. Hidrokarbon bozunumu ve biyosürfaktan üretimi süreçlerinde yer alan bu genlerden 9 tanesinin sadece Facivitalis istanbulensis bakterisine özgü olduğu tespit edildi.
Bu nedenle Facivitalis istanbulensis bakterisi, biyoteknolojik çalışmalar kapsamında gerek aromatikler başta olmak üzere hidrokarbonların biyoremediasyonu gerekse de biyosürfaktan üretimi süreçlerinin geliştirilmesi için potansiyel bir mikroorganizmadır.
Facivitalis istanbulensis bakterisinin taksonomik olarak yer aldığı Sphingomonadaceae familyasındaki bakteri türleri, biyoremediasyon uygulamaları için sıklıkla tercih edilen mikroorganizmalardır. Bu nedenle bu familya için Facivitalis istanbulensis gibi yeni cins/türlerin tanımlanması ve dolayısıyla potansiyel yeni gen kümelerinin keşfi, hidrokarbon bozunumu da dâhil olmak üzere birçok alanda bu mikroorganizmalar ile biyoremediasyon çalışmaları için heyecan verici olduğu öngörüldü.
Üsküdar Haber Ajansı (ÜHA)