Dr.Öğr. Üyesi Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI

MDBF / Bölüm Başkanı Yardımcısı - Kimya Mühendisliği / FBE Biyoinformatik Yüksek Lisans Anabilim Dalı Başkanı

nigar.carsibasiuskudar.edu.tr

(0216) 400 2222 / 2463

ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1013-6668

Citation : 1459 | h-index : 7 | i10-index : 6

: 43
: 0

Araştırma Alanları

Bilgisayarlı ilaç tasarımı, Protein mühendisliği, Protein-protein etkileşimleri, Protein-ilaç etkileşimleri, Polimer Bilimi ve Teknolojileri.

Araştırma Alanları İle Örtüşen BM Sürdürülebilir Kalkınma Hedef Etiketleri

3 4 9 12

Kısa Özgeçmiş

Dr. Öğr. Üyesi Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI ; 1979 İstanbul doğumlu olan Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı lise eğitimini 1994-1997 yılları arasında Eyüboğlu Fen Lisesinde tamamlamış ve birincilikle mezun olmuştur. Lisans eğitimini Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümünde 2001 yılında tamamlamıştır. 2001-2003 yılları arasında yüksek lisansını yine Boğaziçi Kimya Mühendisliği’nde devam etmiş ve bu sırada kendi tasarladığı ve kurulumunu gerçekleştirdiği “Kabarcıklı kolon reaktörü” ile ilgili hidrodinamik ve ısı transferi incelemelerinde bulunmuştur. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı’nın yaptığı yüksek lisans tez çalışmalarından 2 adet SCI’de yayımlanmış makalesi bulunmaktadır. 2003-2009 yılları arasında Boğaziçi Kimya Mühendisliği Polimer Araştırmaları Merkezi’nde doktora çalışmalarını yürütmüş olan Dr. Kantarcı Çarşıbaşı, doktora çalışmaları kapsamında moleküler dinamik simülasyonu ile metallere bağlanan kısa protein zincirleri üzerine çalışmıştır. Bir başka çalışmasında önemli bir tümör baskılayıcı protein olan p53 proteini ve bu proteinin DNA ile etkileşimi üzerine modelleme çalışmaları yürütmüştür. Doktora tezi kapsamında ise kendi geliştirdiği bir matematiksel modelleme tekniği kullanarak proteinlerin konformasyonel geçişlerini modellemiş, Anizotropik Ağ Modelini Monte Carlo Tekniği ile birleştirerek, birçok protein için açıktan kapalıya, serbestten bağlı forma geçiş yolizi araştırmalarında bulunmuştur. Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı’nın doktora çalışmaları kapsamında SCI’da yayımlanmış 4 adet makalesi bulunmaktadır. Halen, Üsküdar Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Kimya-Biyoloji Mühendisliği Bölümü'nde çalışmalarına devam etmektedir. Çok İyi derecede İngilizce, başlangıç seviyesinde Almanca bilen Dr. Kantarcı Çarşıbaşı’nın akademik ilgi alanları: bioinformatik, protein modellemesi, protein-protein etkileşimleri, protein-yapı-fonksiyon ilişkisi, bilgisayar destekli ilaç tasarımı konularıdır.

Devamı

Öğrenim Durumu & Akademik Unvanlar

2001

Lisans

Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği

2003

Yüksek Lisans

Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği

2009

Doktora

Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği

Yönetilen Lisansüstü Tezleri

  1. Nutrasötik moleküllerin pankreas kanserindeki etkinliklerinin in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2024.
  2. Investigation of the effect of temperature and electrolytic properties on heat transfer and conductivity in aqueous salt solutions, 2024.
  3. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  4. Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı, 2022.

Akademik Faaliyetler > Yayınlar

(Scopus) Toplam: 12

Investigation of the Heat Transfer Characteristics and Electrical Conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 Solutions

Advances in Technology Innovation (2024)

Competitive Inhibition and Synergistic Effects of Nutraceutical and Metabolite Molecules on Anti-Acetylcholinesterase Activity

Journal of the Turkish Chemical Society Section A: Chemistry (2024)

Identification of the Candidate mGlu2 Allosteric Modulator THRX-195518 through In Silico Method and Evaluation of Its Neuroprotective Potential against Glutamate-Induced Neurotoxicity in SH-SY5Y Cell Line

Current Issues in Molecular Biology (2024)

Queuine as a potential multi-target drug for alzheimer’s disease: insights from protein dynamics

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (2023)

Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s disease targeting acetylcholinesterase

PLOS ONE (2023)

Elucidation of Conformational Dynamics of MDM2 and Alterations Induced Upon Inhibitor Binding Using Elastic Network Simulations and Molecular Docking

Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2021)

Features of large hing-bending conformational transitions. Prediction of closed structure from open state

Biophysical Journal (2014)

Conformational transition pathways explored by monte carlo simulation integrated with collective modes

Biophysical Journal (2008)

Cooperative fluctuations point to the dimerization interface of P53 core domain

Biophysical Journal (2006)

A Study on Hydrodynamics and Heat Transfer in a Bubble Column Reactor with Yeast and Bacterial Cell Suspensions

The Canadian Journal of Chemical Engineering (2005)

Bubble Column Reactors

Process Biochemistry (2005)

Molecular Dynamics Simulations on constraint metal binding peptides

Polymer (2005)

Akademik Faaliyetler > Yayınlar

(Diğer Bilimsel Yayınlar) Toplam: 2

Dual role of natural molecules in bridging cancer and Alzheimer’s disease: insights from in silico simulations

The European Chemistry and Biotechnology Journal (2024)

Konformasyonel Dinamik Yönlendirmeli Farmakofor Modelleme ile Güçlü Antikanser Ajanlarının Belirlenmesi

Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi (2022)

Akademik Faaliyetler > Kitap - Kitap Bölümü

(Diğer) Toplam: 2
  1. Natural Source Drug Molecules Targeting Alzheimer’s Disease, Nigar Kantarcı Çarşıbaşı, Platanus Publishing, 2023
  2. COMPUTER AIDED DRUG DESIGN: LINKING SIMULATION WITH MEDICINE, Nİgar ÇarŞibaŞi, Efe Akademik Publishing, 2022

Projeler > Projeler

  1. Insiliko yöntemler ile hedefe yönelik ilaç keşfi, tasarımı ve optimizasyonu, 2027.
  2. Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, 2024.
  3. Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, 2024.
  4. Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, 2024.
  5. Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, 2023.
  6. Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, 2025.
  7. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  8. Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  9. İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, 2023.
  10. In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, 2023.

Akademik Faaliyetler > Kongre - Konferans Katılım

  1. 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), 2024.
  2. 5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), 2024.
  3. 12.Uluslararası İlaç Kimyası kongresi, 2024.
  4. 7th International Conference on Innovative Studies of Contemporary Sciences, 2023.
  5. 11th International Drug Chemistry Congress, 2023.
  6. The Sixth International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences (ISPBS-6), 2022.
  7. 2. Computer-Aided Drug Design Symposium and Workshop-Linking Design, Biology, Chemistry and Medicine, 2022.
  8. 4th International Conference on Biological and Chemical Sciences, 2021.
  9. 23th International Conference on Drug Discovery, Design, Development and Optimization, 2021.
  10. 8th multidisciplinary cancer research congress, 2021.

İdari Faaliyetler

  1. Ana Bilim Başkanı / Head of Department, Biyoinformatik, (2024 - Devam ediyor.)
  2. Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser, 81-90 Öğrenci Danışmanlığı, (2023 - Devam ediyor.)
  3. Komisyon Üyesi / Member of Commission, Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO), (2022 - Devam ediyor.)
  4. Koordinatör / Coordinator, Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü, (2022 - 2023)
  5. Öğrenci Kulübü Danışmanlığı / Head of Student Club, Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü, (2022 - Devam ediyor.)
  6. Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership, Nörogenetik Çalışma Grubu, (2022 - Devam ediyor.)
  7. Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department, Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı, (2021 - Devam ediyor.)
  8. Komisyon Üyesi / Member of Commission, Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO), (2019 - Devam ediyor.)

Eğitim ve Öğretim Faaliyetleri