Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI, Ph.D
Asst. Prof.
FENS / Deputy Head of Department - Chemical Engineering / GSS / Bioinformatics Master's Program - Head of Bioinformatics Department
Research Areas
Short CV
Born in 1979 in Istanbul, Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı completed her high school education at Eyüboğlu Science High School between 1994-1997 and graduated with first place. She completed her undergraduate education at Boğaziçi University, Department of Chemical Engineering in 2001. Between 2001 and 2003, she continued her master's degree in Boğaziçi Chemical Engineering, and during this time she conducted hydrodynamic and heat transfer studies on the "Bubble Column Reactor" that she designed and installed. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı has 2 articles published in SCI from her master's thesis studies. She carried out her doctoral studies at Boğaziçi Chemical Engineering Polymer Research Center between 2003-2009. Kantarcı Çarşıbaşı worked on short protein chains that bind to metals by molecular dynamics simulation within the scope of her doctoral studies. In another study, she conducted modeling studies on the p53 protein, an important tumor suppressor protein, and its interaction with DNA. Within the scope of her doctoral thesis, she modeled the conformational transitions of proteins using a mathematical modeling technique she developed, and by combining the Anisotropic Network Model with the Monte Carlo Technique, she investigated the transition pathways for many proteins from open to closed, from free to bound form. Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı has 4 articles published in SCI within the scope of his doctoral studies. She still continues her studies at Üsküdar University, Faculty of Engineering and Natural Sciences, Department of Chemical Engineering. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı's academic research areas are: bioinformatics, protein modeling, protein-protein interactions, protein-structure-function relationship, computer aided drug design.
Education & Academic Titles
Bachelor's Degree
Boğaziçi Üniversitesi
2001
Master's Degree
Boğaziçi Üniversitesi
2003
Research Assistant
Boğaziçi Üniversitesi
2003
Doctorate
Boğaziçi Üniversitesi
2009
Assistant Professor
Üsküdar Üniversitesi
2019
Projects > Projects
Total: 16
Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Sitotoksik Etkinliğinin Araştırılması2026
Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması2026
Nutrasötik Quein molekülü için etkinliğini artırmaya yönelik in siliko formülasyon geliştirilmesi ve optimizasyonu.2026
Farklı LABSA ve SLES parametrelerine sahip deterjanların kemik dokudan DNA İzolasyonuna etkisinin araştırılması2026
Farklı boyutlardaki çinko oksit (ZnO) nanoparçacıklarının güneş koruyucu etkisinin UVA/UVB parametre değerleri ile araştırılması2026
Histamin H4 reseptörünün inhibisyonunu sağlayacak doğal kaynaklı potansiyel antihistaminik moleküllerin in siliko keşfi ve in vitro kimyasal validasyonu2026
Insiliko yöntemler ile hedefe yönelik ilaç keşfi, tasarımı ve optimizasyonu2027
Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları2024
Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları2024
Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları2024
Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi2025
Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi2025
Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması2023
Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması2023
İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi2023
In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi2023
Supervised Graduate Theses
Total: 4
Nutrasötik moleküllerin pankreas kanserindeki etkinliklerinin in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması2024
Investigation of the effect of temperature and electrolytic properties on heat transfer and conductivity in aqueous salt solutions2024
Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması2023
Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı2022
Academic Activities > Congress - Conference Participation
Total: 11
DRUG REPOSITIONING FOR ALZHEIMER'S DISEASE AND GLIOBLASTOMA TREATMENT2024
Investigation of the heat transfer characteristics and electrical conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 solutions2024
Discovery and biological evaluation of potential Map4k4 inhibitors for the treatment of pancreatic cancer2024
Queuine as a potential multi-target drug for Alzheimer’s Disease2024
INVESTIGATION OF NOVEL NATURAL COMPOUNDS AGAINST ALZHEIMER’S DISEASE TARGETING ACETYLCHOLINESTERASE2023
Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s Disease targeting acetylcholinesterase2023
TOWARDS MORE POTENT ANTICANCER DRUGS: PHARMACOPHORE MODEL ACCOMPANIED BY CONFORMATIONAL DYNAMICS REVEALS NEW P53 ACTIVATORS2022
Pharmacophore Model Accompanied by Conformational Dynamics Reveals New Anti-cancer Drugs2022
Identification of natural molecules for anticancer activity against MDM2 using conformational dynamics and molecular docking2021
Elucidation of Dynamics of MDM2 Shed Light on the Anti-cancer Drug Development2021
Global Dynamics of MDM2 and Alterations Caused by Inhibitor Binding: an Elastic Network Model Approach2021
Administrative Activities
Total: 9
Laboratuvar Sorumlusu2025
100 -150 Öğrenci Danışmanlığı2025
Biyoinformatik2024
Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO)2022
Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü2022
Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü2022
Nörogenetik Çalışma Grubu2022
Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı2021
Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO)2019
Education and Teaching Activities
Total: 9

