Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI, Ph.D

Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI, Ph.D

ORCID0000-0003-1013-6668

Asst. Prof.

FENS / Deputy Head of Department - Chemical Engineering / GSS / Bioinformatics Master's Program - Head of Bioinformatics Department

BM Hedef 3BM Hedef 4BM Hedef 9BM Hedef 12BM Hedef 17
Rate Us

Academic Connections

Scopus
Documents:14
Citations:1114
h-index:7
Google Scholar
Citations:1577
h-index:7
i10-index:7

39

Web of ScienceResearchgateYÖKPublons

Research Areas

Bilgisayarlı ilaç tasarımı
Protein mühendisliği
Protein-protein etkileşimleri
Protein-ilaç etkileşimleri
Polimer Bilimi ve Teknolojileri.

Short CV

Born in 1979 in Istanbul, Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı completed her high school education at Eyüboğlu Science High School between 1994-1997 and graduated with first place. She completed her undergraduate education at Boğaziçi University, Department of Chemical Engineering in 2001. Between 2001 and 2003, she continued her master's degree in Boğaziçi Chemical Engineering, and during this time she conducted hydrodynamic and heat transfer studies on the "Bubble Column Reactor" that she designed and installed. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı has 2 articles published in SCI from her master's thesis studies. She carried out her doctoral studies at Boğaziçi Chemical Engineering Polymer Research Center between 2003-2009. Kantarcı Çarşıbaşı worked on short protein chains that bind to metals by molecular dynamics simulation within the scope of her doctoral studies. In another study, she conducted modeling studies on the p53 protein, an important tumor suppressor protein, and its interaction with DNA. Within the scope of her doctoral thesis, she modeled the conformational transitions of proteins using a mathematical modeling technique she developed, and by combining the Anisotropic Network Model with the Monte Carlo Technique, she investigated the transition pathways for many proteins from open to closed, from free to bound form. Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı has 4 articles published in SCI within the scope of his doctoral studies. She still continues her studies at Üsküdar University, Faculty of Engineering and Natural Sciences, Department of Chemical Engineering. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı's academic research areas are: bioinformatics, protein modeling, protein-protein interactions, protein-structure-function relationship, computer aided drug design.

Education & Academic Titles

Bachelor's Degree

Boğaziçi Üniversitesi

2001

Master's Degree

Boğaziçi Üniversitesi

2003

Research Assistant

Boğaziçi Üniversitesi

2003

Doctorate

Boğaziçi Üniversitesi

2009

Assistant Professor

Üsküdar Üniversitesi

2019

Projects > Projects

Total: 16

1

Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Sitotoksik Etkinliğinin Araştırılması
2026

2

Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Karsinogenez Mekanizmaları Üzerine Etkisinin Araştırılması
2026

3

Nutrasötik Quein molekülü için etkinliğini artırmaya yönelik in siliko formülasyon geliştirilmesi ve optimizasyonu.
2026

4

Farklı LABSA ve SLES parametrelerine sahip deterjanların kemik dokudan DNA İzolasyonuna etkisinin araştırılması
2026

5

Farklı boyutlardaki çinko oksit (ZnO) nanoparçacıklarının güneş koruyucu etkisinin UVA/UVB parametre değerleri ile araştırılması
2026

6

Histamin H4 reseptörünün inhibisyonunu sağlayacak doğal kaynaklı potansiyel antihistaminik moleküllerin in siliko keşfi ve in vitro kimyasal validasyonu
2026

7

Insiliko yöntemler ile hedefe yönelik ilaç keşfi, tasarımı ve optimizasyonu
2027

8

Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları
2024

9

Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları
2024

10

Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları
2024

11

Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi
2025

12

Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi
2025

13

Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması
2023

14

Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması
2023

15

İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi
2023

16

In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi
2023

Supervised Graduate Theses

Total: 4

1

Nutrasötik moleküllerin pankreas kanserindeki etkinliklerinin in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması
2024

2

Investigation of the effect of temperature and electrolytic properties on heat transfer and conductivity in aqueous salt solutions
2024

3

Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması
2023

4

Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı
2022

Academic Activities > Congress - Conference Participation

Total: 11

1

DRUG REPOSITIONING FOR ALZHEIMER'S DISEASE AND GLIOBLASTOMA TREATMENT
2024

2

Investigation of the heat transfer characteristics and electrical conductivities of NaCl, KCl, and NaNO3 solutions
2024

3

Discovery and biological evaluation of potential Map4k4 inhibitors for the treatment of pancreatic cancer
2024

4

Queuine as a potential multi-target drug for Alzheimer’s Disease
2024

5

INVESTIGATION OF NOVEL NATURAL COMPOUNDS AGAINST ALZHEIMER’S DISEASE TARGETING ACETYLCHOLINESTERASE
2023

6

Proposing novel natural compounds against Alzheimer’s Disease targeting acetylcholinesterase
2023

7

TOWARDS MORE POTENT ANTICANCER DRUGS: PHARMACOPHORE MODEL ACCOMPANIED BY CONFORMATIONAL DYNAMICS REVEALS NEW P53 ACTIVATORS
2022

8

Pharmacophore Model Accompanied by Conformational Dynamics Reveals New Anti-cancer Drugs
2022

9

Identification of natural molecules for anticancer activity against MDM2 using conformational dynamics and molecular docking
2021

10

Elucidation of Dynamics of MDM2 Shed Light on the Anti-cancer Drug Development
2021

11

Global Dynamics of MDM2 and Alterations Caused by Inhibitor Binding: an Elastic Network Model Approach
2021

Administrative Activities

Total: 9

1

Laboratuvar Sorumlusu
2025

2

100 -150 Öğrenci Danışmanlığı
2025

3

Biyoinformatik
2024

4

Kalite Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO)
2022

5

Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü
2022

6

Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü
2022

7

Nörogenetik Çalışma Grubu
2022

8

Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı
2021

9

Eğitim Komisyonu (Enstitü / Fakülte / MYO)
2019

Education and Teaching Activities

Total: 9

1

Polymer Processing Principles, Applications and Modeling
LISANSUSTU / 2024

2

Graduation Thesis
LISANS / 2024

3

General Chemistry II
LISANS / 2024

4

Modelleme ve Simülasyon
LISANSUSTU / 2024

5

Drug Design
LISANSUSTU / 2024

6

Graduation Project
LISANS / 2024

7

Mass and Energy Balances
LISANS / 2024

8

General Chemistry I
LISANS / 2024

9

Stoichiometry
LISANS / 2024