Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI,

FENS / Chemical Engineering (English) - Deputy Head of Department

nigar.carsibasiuskudar.edu.tr

(0216) 400 2222 2463

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-1013-6668

Citation : 1248 | h-index : 6 | i10-index : 6

Research Fields

Computer-aided drug design, Protein engineering, Protein-protein and protein-drug interactions, Protein modeling, Polymer Technology and Engineering.

Short CV

Born in 1979 in Istanbul, Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı completed her high school education at Eyüboğlu Science High School between 1994-1997 and graduated with first place. She completed her undergraduate education at Boğaziçi University, Department of Chemical Engineering in 2001. Between 2001 and 2003, she continued her master's degree in Boğaziçi Chemical Engineering, and during this time she conducted hydrodynamic and heat transfer studies on the "Bubble Column Reactor" that she designed and installed. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı has 2 articles published in SCI from her master's thesis studies. She carried out her doctoral studies at Boğaziçi Chemical Engineering Polymer Research Center between 2003-2009. Kantarcı Çarşıbaşı worked on short protein chains that bind to metals by molecular dynamics simulation within the scope of her doctoral studies. In another study, she conducted modeling studies on the p53 protein, an important tumor suppressor protein, and its interaction with DNA. Within the scope of her doctoral thesis, she modeled the conformational transitions of proteins using a mathematical modeling technique she developed, and by combining the Anisotropic Network Model with the Monte Carlo Technique, she investigated the transition pathways for many proteins from open to closed, from free to bound form. Dr. Nigar Kantarcı Çarşıbaşı has 4 articles published in SCI within the scope of his doctoral studies. She still continues her studies at Üsküdar University, Faculty of Engineering and Natural Sciences, Department of Chemical Engineering. Dr. Kantarcı Çarşıbaşı's academic research areas are: bioinformatics, protein modeling, protein-protein interactions, protein-structure-function relationship, computer aided drug design.

read more

Education Status & Academic Titles

2001

Undergraduate Degree

Boğaziçi Üniversitesi

Kimya Mühendisliği
2003

Master Degree

Boğaziçi Üniversitesi

Kimya Mühendisliği
2009

Doctorate

Boğaziçi Üniversitesi

Kimya Mühendisliği

Supervised Graduate Theses

  • Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  • Kanser tedavisinde Murine Double Minute 2 proteininin inhibasyonu için ligand-bazlı farmakofor modelleme tekniği ile yeni moleküllerin tasarımı, 2022.

Academic Activities > Publications

(ISI Web of Science Core Collection *) Toplam: 7

Elucidation of Conformational Dynamics of MDM2 and Alterations Induced Upon Inhibitor Binding Using Elastic Network Simulations and Molecular Docking

Journal of Computational Biophysics and Chemistry (2021)

Features of large hing-bending conformational transitions. Prediction of closed structure from open state

Biophysical Journal (2014)

Conformational transition pathways explored by monte carlo simulation integrated with collective modes

Biophysical Journal (2008)

Cooperative fluctuations point to the dimerization interface of P53 core domain

Biophysical Journal (2006)

A Study on Hydrodynamics and Heat Transfer in a Bubble Column Reactor with Yeast and Bacterial Cell Suspensions

Canadian Journal of Chemical Engineering (2005)

Bubble Column Reactors

Process Biochemistry (2005)

Molecular Dynamics Simulations on constraint metal binding peptides

Polymer (2005)

Academic Activities > Publications

(Other Scientific Publications) Toplam: 1

Pharmacophore Modeling Guided by Conformational Dynamics Reveals Potent Anticancer Agents

Süleyman Demirel Üniversitesi fen bilimleri enstitusu dergisi (2022)

Academic Activities > Book - Book Chapter

  • Natural Source Drug Molecules Targeting Alzheimer’s Disease, 2023.
  • COMPUTER AIDED DRUG DESIGN: LINKING SIMULATION WITH MEDICINE, 2022.

Projects > Projects

  • Kimya Mühendisliğinde Temel Proses Ekipmanlarının Kurulumu ve Uygulamaları, 2024.
  • Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, 2023.
  • Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi, 2024.
  • Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  • Alzheimer Hastalığının tedavisinde doğal kaynaklı ve FDA onaylı moleküllerin asetilkolinesteraz enziminin inhibasyonu için in siliko ve in vitro tekniklerle araştırılması, 2023.
  • İn Silico Analiz ile Aday mglu2 Pozitif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, 2023.
  • In Silico Analiz ile Aday mglu2 Positif Allosterik Modülatörün Bulunması ve Nöroprotektif Etkisinin In Vitro Ortamda Değerlendirilmesi, 2023.

Academic Activities > Congress - Conference Participation

  • The Sixth International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences (ISPBS-6), 2022.
  • 2. Computer-Aided Drug Design Symposium and Workshop-Linking Design, Biology, Chemistry and Medicine, 2022.
  • 4th International Conference on Biological and Chemical Sciences, 2021.
  • 23th International Conference on Drug Discovery, Design, Development and Optimization, 2021.
  • 8th multidisciplinary cancer research congress, 2021.

Administrative Activities

  • Öğrenci Danışmanlığı / Student Adviser, 100 -150 Öğrenci Danışmanlığı, (2022 - Devam ediyor.)
  • Koordinatör / Coordinator, Bologna Koordinatörlüğü (Enstitü / Fakülte / MYO), (2022 - Devam ediyor.)
  • Koordinatör / Coordinator, Erasmus Bölüm Koordinatörlüğü, (2022 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Kalite Komisyonu Üyeliği (Enstitü / Fakülte / MYO), (2022 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Erasmus ve Dış İlişkiler Komisyonu, (2022 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Başkan Yardımcısı / Vice-Chairman of Commission, Kalite Komisyon Yardımcısı, (2022 - Devam ediyor.)
  • Öğrenci Kulübü Danışmanlığı / Head of Student Club, Kimya-Biyoloji Mühendisliği Kulübü, (2022 - Devam ediyor.)
  • Çalışma Grubu Üyelikleri / Research Group Membership, Nörogenetik Çalışma Grubu, (2022 - Devam ediyor.)
  • Bölüm Başkan Yardımcısı / Deputy Head of Department, Kimya-Biyoloji Mühendisliği (İngilizce) Bölüm Başkan Yardımcısı, (2021 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Fakülte Dijital Eğitim Komisyonu, (2019 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Uluslararası Öğrenciler Akademik Komisyonu, (2019 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Bologna Komisyonu, (2019 - Devam ediyor.)
  • Komisyon Üyesi / Member of Commission, Eğitim Komisyonu Üyeliği (Enstitü / Fakülte / MYO), (2019 - Devam ediyor.)

Education and Training Activities

  • İlaç Tasarımı, (Master / 2021-2022 Bahar)
  • Graduation Thesis, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Bahar)
  • Chemical Engineering Laboratory I, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Bahar)
  • Chemical Engineering Thermodynamics, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Bahar)
  • Organic Chemistry, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Bahar)
  • Polimer İşleme Süreçleri, Modelleme ve Uygulamaları, (Master / 2021-2022 Güz)
  • Graduation Project, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Güz)
  • Drug Design, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Güz)
  • General Chemistry I, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Güz)
  • General Chemistry I, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Güz)
  • Stoichiometry, (Undergraduate Degree / 2021-2022 Güz)

BM Sürdürülebilir Kalkınma Hedef Etiketleri

3

* ISI Web of Science Core Collection

  • Science Citation Index
  • Arts & Humanities Citation Index
  • Science Citation Index Expanded
  • Social Sciences Citation Index
  • Emerging Sources Citation Index