Computational Biology and In-silico Working Group

Members

Prof.Dr. Muhsin KONUK

Advisor to the President / FENS / Molecular Biology and Genetics (English) / PARGE Director / Head of Molecular Biology Master Program

Prof.Dr. Mesut KARAHAN

VSHS/ Director / Graduation School of Sciences Director / Incubation Center and TTO Director/ VSHS/ Biomedical Device Technology/ FHS/ Nutrition and Dietetics

Dr.Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

VSHS/ Laboratory Technology - Head of Program

Dr.Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

VSHS / Health Sciences Institute – Vice Director/ Medicinal and Aromatic Plants - Head of Program

Dr.Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL

VSHS / Vice Director/ Medical Laboratory Techniques- Head of Program / Radiotherapy/ ÜSUZEM Vice Director

Dr.Öğr. Üyesi Salih TUNCAY

VSHS / Food Technology / Scientific Research Projects (BAP/SRP) Coordinator

Projects

  • CDH9 genindeki yanlış anlamlı SNP’lerin in silico analizi

    Kategori: TÜBİTAK Öğrenci Projesi

    Başvuru Kabul No: 1919B012328997

    Tarih: 03.2024

  • Parkinson Hastalığı ile ilişkili olan SNCA genindeki yanlış anlamlı SNP’lerin biyoinformatik analizi

    Kategori: TÜBİTAK Öğrenci Projesi

    Başvuru Kabul No: 1919B012327346

    Tarih: 03.2024

  • Benserazid Türevi 2-Amino-3-(4-Hydroxyphenyl)-N'-(2,3,4-Trihydroxybenzyl) Propanehydrazide Bileşiğinin Sentezi ve CCD-1079Sk Deri Fibroblast Hücreleri Üzerinde Sitotoksik Aktivitesinin Belirlenmesi

    Kategori: TÜBİTAK

    Başvuru Kabul No: 1919B012202400

    Tarih: 11.2022

Research Focus

The Computational Biology and In-silico Studies Group use various bioinformatics tools to identify genes involved in diseases (especially neurodegenerative diseases and cancer) and/or important cellular pathways, to detect gene-gene interactions, to predict polymorphisms that may have an impact on the structure and function of proteins that are the product of genes, and to model proteins structurally.

 

Published Papers (Indexed in Scopus Database)
The Books / Book Chapters

  • SHMYO için Temel Biyokimya (Lipitler ve Biyomoleküller)

    Kategori: ÜÜ yayinevi tarafından basılmış kitap bölümü yazarlığı

    ISBN: 978-605-9596-81-7

    Tarih: 2023

    Yazar(lar): Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY, Prof. Dr. Mesut KARAHAN, Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL, Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN, Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY, Dr. Öğr. Üyesi Öznur Özge Özcan

Kongre-Konferans Katılımları

  • ALZHEİMER HASTALIĞINDA ROLÜ OLAN BETA SEKRETAZ GENİNİN (BACE1) IN SILICO ANALİZİ

    Kongre-Konferans Adı: TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi (26.10.2018 tarihinde kongre katılımı)

    Tarih: 30.10.2019

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL, Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY, Prof. Dr. Korkut ULUCAN, Prof. Dr. Muhsin KONUK, Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

  • BİLGİSAYAR TABANLI YAZILIM ARAÇLARI İLE APH1B GENİNDEKİ FONKSİYONEL SNP’LERİN TAHMİN EDİLMESİ

    Kongre-Konferans Adı: TBD Uluslararası Biyokimya Kongresi 2018 - 29. Ulusal Biyokimya Kongresi

    Tarih: 29.10.2018

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN, Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY, Prof. Dr. Korkut ULUCAN, Prof. Dr. Muhsin KONUK, Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL

  • In silico analizler ile insan BAK1 genindeki fonksiyonel SNP’lerin tanımlanması

    Kongre-Konferans Adı: Ulusal Uygulamalı Biyolojik Bilimler Kongresi

    Tarih: 03.05.2018

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

  • IN SILICO APPROACH FOR ANALYSIS OF SNPs IN THE ABAD/HSD17B10 GENE

    Kongre-Konferans Adı: 13th Balkan Congress of Human Genetics

    Tarih: 17.04.2019

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY, Prof. Dr. Muhsin KONUK, Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL, Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

  • Investıgatıon of SNPs Wıth Functıonal Effects In GZMB (Granzyme B) Gene Usıng In Silico Methods

    Kongre-Konferans Adı: 8th INTERNATIONAL MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY CONGRESS

    Tarih: 19.12.2019

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

  • İnsan OXTR Geninde Bulunan Zararlı SNP’lerin İn Silico Yöntemlerle Tahmini ve Analizi

    Kongre-Konferans Adı: 9. ULUSAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ

    Tarih: 20.12.2020

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN, Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

  • Biyoinformatik Yaklaşım ile Aspartilglukozaminidazı kodlayan AGA genindeki Fonksiyonel SNP'lerin Tahmini

    Kongre-Konferans Adı: 9. ULUSAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ

    Tarih: 19.12.2020

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY, Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

  • ON THE SOME REMARKABLE FEATURES OF HESPEREDIN (the HES)

    Kongre-Konferans Adı: MESMAP 7

    Tarih: 18.11.2021

    Katılımcı(lar): Prof. Dr. Muhsin KONUK, Dr. Öğr. Üyesi Burcu ÇEVRELİ, Doç. Dr. Emel SERDAROĞLU KAŞIKÇI

  • Moleküler biyolojide in silico uygulamaları: SNP örneği

    Kongre-Konferans Adı: 10. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi

    Tarih: 17.12.2021

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

  • Sinaptik plastisitedeki epigenetik yansımaların hafıza ve öğrenmede fonksiyonu olduğunu biliyor muydunuz?

    Kongre-Konferans Adı: 20. Ulusal Sinirbilim Kongresi

    Tarih: 22.10.2022

    Katılımcı(lar): Prof. Dr. Muhsin KONUK

  • Sinaptik plastisitedeki epigenetik yansımaların hafıza ve öğrenmede fonksiyonu olduğunu biliyor muydunuz?

    Kongre-Konferans Adı: 20. Ulusal Sinirbilim Kongresi

    Tarih: 22.10.2022

    Katılımcı(lar): Prof. Dr. Muhsin KONUK

  • Hastalıklarla ilişkili genlerde bulunan SNP’lerin biyoinformatik analizleri

    Kongre-Konferans Adı: Üsküdar Üniversitesi 1. Ulusal Tıp Öğrencileri Kongresi

    Tarih: 29.05.2022

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

  • Characterization of Siirt Propolis Extracts Obtained with Water and Ethanol by LC-MS/MS, Determination of Their Effects on Antioxidant and Diabetes

    Kongre-Konferans Adı: 2. Uluslararası Gıda Kimyası Kongresi

    Tarih: 16.03.2023

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY, Prof. Dr. Mesut KARAHAN, Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL, Öğr. Gör. İSRA TOPTANCI

  • On some properties of Hesperidin

    Kongre-Konferans Adı: International Brain and Biomedicines Conference (IBBC-2023)

    Tarih: 18.05.2023

    Katılımcı(lar): Prof. Dr. Muhsin KONUK, Doç. Dr. Emel SERDAROĞLU KAŞIKÇI, Dr. Öğr. Üyesi Burcu ÇEVRELİ

  • SYN1 Genindeki Yanlış Anlamlı SNP'lerin In Siliko Analizi

    Kongre-Konferans Adı: 12. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi

    Tarih: 07.10.2023

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL, Prof. Dr. Mesut KARAHAN

  • “Biyoinformatik Araçlar Kullanılarak TAOK1 Genindeki Tek Nükleotid Varyasyonların (SNV’lerin) Değerlendirilmesi”

    Kongre-Konferans Adı: 6TH Internatıonal Eurasıan Conference On Bıologıcal And Chemıcal Scıences

    Tarih: 13.10.2023

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMAN

  • Translasyonel Bilime Bir Yaklaşım Olarak Farmakogenetik

    Kongre-Konferans Adı: 6. Ulusal Uygulamalı Biyolojik Bilimler Kongresi

    Tarih: 03.11.2023

    Katılımcı(lar): Prof. Dr. Muhsin KONUK

  • Benserazide derivative 2-amino-N'-(4-(dimethylamino)benzylidene)-3-(4- hydroxyphenyl)propanehydrazide Synthesis of Converted Method

    Kongre-Konferans Adı: 12. Drug Chemistry Conference

    Tarih: 07.03.2024

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY

  • The Impact of Lignan Fractions of Piper Cubeba Fruit on Alzheimer's Disease

    Kongre-Konferans Adı: 12. Drug Chemistry Conference

    Tarih: 07.03.2024

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Shirin TARBIAT, Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY, Prof. Dr. Sevim IŞIK

  • Benserazide derivative 2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)-N'-(2,3,4- trihydroxybenzyl) Synthesis of propanehydrazide compound and its cytotoxic activity on CCD-1079Sk skin fibroblast cells determination

    Kongre-Konferans Adı: 12. Drug Chemistry Conference

    Tarih: 07.03.2024

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY

  • İnterferon gamayı kodlayan IFNG genindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin olası etkilerinin in silico olarak değerlendirilmesi

    Kongre-Konferans Adı: 7th International Eurasian Conference on Biological and Chemical Sciences

    Tarih: 04.10.2024

    Katılımcı(lar): Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY

Tüm Çalışma Grupları