Hesaplamalı Biyoloji ve In silico Çalışmaları Grubu, çeşitli biyoinformatik araçlar kullanarak hastalıklar (özellikle nörodejeneratif hastalıklar ve kanser) ile ilgili ve/veya önemli hücresel yolaklarda görev alan genlerin belirlenmesi, gen-gen etkileşimlerinin tespiti, genlerin ürünü olan proteinlerin yapısı ve fonksiyonu üzerine etkisi olabilecek polimorfizmlerin tahmin edilmesi ve proteinlerin yapısal olarak modellenmesi konusunda çalışmalar yapmaktadır.
Hesaplamalı Biyoloji ve İn-Silico Çalışma Grubu
Araştırma Odağı
Toplantı ÖzetleriSon 5 Toplantı Listelenmektedir
Bi̇yoki̇myasal Hesaplamalar Çalışma Grubu'nun 25092025 tarihli toplantısında “Üsküdar Üniversitesi in silico Araştırmalar Laboratuvarı (ÜSİNSİLİCOLAB)”ın kullanımı ve yürütülebilecek bilgisayar destekli uygulamalar hakkında görüşülmüştür.
Projeleri
Uyutan İplik (Sleeping Yarn)
Kategori: TÜBİTAK
Başvuru No: 5250102
Tarih: 2025-12-12
Konjenital Laktoz İntoleransı İle İlişkili LCT Genine Ait Olası Zararlı Missense Tek Nükleotit Polimorfizmlerinin Analiz Edilmesi ve Hastalığa Karşı Yeni İlaç Aday Moleküllerinin In Silico Metotlar İle Geliştirilmesi
Kategori: TÜBİTAK
Başvuru No: 125Z687
Tarih: 2025-08-29
Ağız Kanserinde Apigenin/Vitexin Kombinasyonunun Sitotoksik Etkinliğinin Araştırılması
Kategori: BAP projesi
Başvuru No: 5169
Tarih: 2025-05-27
YayınlarıWOS Kapsamına Giren Yayınların Sayısı: 33Diğer Yayınların Sayısı: 15
- Molecular Docking, ADME, toxicity, and flexibility analysis of compounds in Withania somnifera L. for dopamine D2 receptor inhibition
Yayın Adı: Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
DOI: https://doi.org/10.25092/baunfbed.1672602
Tarih: 2026-01-22
Yazarlar:Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY
- In Silico Analysis of Structural and Functional Impacts of Missense SNPs of SNCA Gene in Parkinson’s Disease
Yayın Adı: Kafkas Journal of Medical Sciences
DOI: 10.5505/kjms.2025.24307
Tarih: 2025-10-20
Yazarlar:Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKAL
- Discovering Queuine from shape to property: insights from DFT calculations and MD simulations
Yayın Adı: Molecular Simulation
DOI: 10.1080/08927022.2025.2576150
Tarih: 2025-10-10
Yazarlar:Dr. Öğr. Üyesi NİGAR ÇARŞIBAŞI
Kitapları
- Bioactive Peptides Produced From Microbial Sources and Their Neuroprotective Effects: Microbial Peptides
Kategori: Scopus/BKCI'de taranan yayınevi tarafından basılmış kitap yazarlığı
ISBN: ISBN13: 9798337341392, Isbn13Softcover: 9798337341408, EISBN13: 9798337341415
Tarih: 2026-01-01
Yazarlar:Prof. Dr. Muhsin KONUK
- Handbook of Regenerative Medicine Stem Cell-based Approach
Kategori: Scopus/BKCI'de taranan yayınevi tarafından basılmış kitap bölümü yazarlığı
ISBN: E-ISBN 9781003464594
Tarih: 2025-01-01
Yazarlar:Prof. Dr. Muhsin KONUKDr. Öğr. Üyesi Öznur Özge Özcan
- Role of Stem Cell-Based Therapy in Neurodegenerative, Ocular, and Cardiovascular Diseases
Kategori: Scopus/BKCI'de taranan yayınevi tarafından basılmış kitap bölümü yazarlığı
ISBN: 9781003464594
Tarih: 2025-01-01
Yazarlar:Dr. Öğr. Üyesi Öznur Özge Özcan
Kongre-Konferans Katılımları
ALZHEİMER HASTALIĞINDA ROLÜ OLAN BETA SEKRETAZ GENİNİN (BACE1) IN SILICO ANALİZİ
Kongre Adı: Ulusal kongre ve sempozyumlarda sözlü veya poster olarak sunulan ve yayımlanan tebliğ
Tarih: 2019-10-30
Katılımcılar:Prof. Dr. Muhsin KONUKDr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKALDr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMANProf. Dr. Korkut ULUCANDr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY
BİLGİSAYAR TABANLI YAZILIM ARAÇLARI İLE APH1B GENİNDEKİ FONKSİYONEL SNP’LERİN TAHMİN EDİLMESİ
Kongre Adı: Ulusal kongre ve sempozyumlarda sözlü veya poster olarak sunulan ve yayımlanan tebliğ
Tarih: 2018-10-29
Katılımcılar:Prof. Dr. Muhsin KONUKDr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKALDr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMANProf. Dr. Korkut ULUCANDr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY
In silico analizler ile insan BAK1 genindeki fonksiyonel SNP’lerin tanımlanması
Kongre Adı: Ulusal kongre ve sempozyumlarda sözlü veya poster olarak sunulan ve yayımlanan tebliğ
Tarih: 2018-05-03
Katılımcılar:Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAY
Diğer Faaliyetler
Gıda Kimyası Kongresi Haberi
Kategori: Detaylı Medya Katılımı
Tarih: 2026-02-25
Katılımcılar: Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY
Gıda Kimyası Kongresi Haber Duyurusu (Fair) Fuar Dergisindeki Haber çalışması
Kategori: Detaylı Medya Katılımı
Tarih: 2026-02-25
Katılımcılar: Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAY
APHERON within the scope of TEKNOFEST 2026 Technology Competitions.
Kategori: Yarışmalara katılan öğrenci projelerinde danışmanlık
Tarih: 2026-02-19
Katılımcılar: Prof. Dr. Muhsin KONUK
İlgili Enstitü, Fakülte, Meslek Yüksekokulu
Üyeler
- Prof.Dr. Muhsin KONUK
Rektör Danışmanı / MDBF / Moleküler Biyoloji ve Genetik (İngilizce) / Moleküler Biyoloji Yüksek Lisans Programı Anabilim Dalı Başkanı
Prof.Dr. Kaan YILANCIOĞLUMDBF / Adli Bilimler / Biyogüvenlik Yüksek Lisans Programı Anabilim Dalı Başkanı
Doç.Dr. Pınar ÖZMDBF / Moleküler Biyoloji ve Genetik (İngilizce) Bölümü Başkan Yardımcısı / Nörobilim Yüksek Lisans Programı
Dr. Öğr. Üyesi O. Murat ANLIMDBF / Endüstri Mühendisliği
- Doç.Dr. Nigar KANTARCI ÇARŞIBAŞI
MDBF / Bölüm Başkanı Yardımcısı - Kimya Mühendisliği / FBE Biyoinformatik Yüksek Lisans Anabilim Dalı Başkanı
Dr. Öğr. Üyesi Tuğba KAMANSHMYO / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi ve Aromatik Bitkiler - Program Başkanı
Dr. Öğr. Üyesi Ömer Faruk KARASAKALSHMYO - Müdür V. / Tıbbi Laboratuvar Teknikleri Program Başkanı / Radyoterapi
Dr. Öğr. Üyesi Doğukan MUTLUMDBF / Moleküler Biyoloji ve Genetik (Türkçe) / Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji Anabilim Dalı Başkanı / Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi (ÜSUZEM) Müdürü / Uzaktan Eğitim Koordinatörü
Dr. Öğr. Üyesi Ebru ÖZKAN OKTAYSHMYO / Laboratuvar Teknolojisi - Program Başkanı
Dr. Öğr. Üyesi İmran GÖKERMDBF / Biyomühendislik
Dr. Öğr. Üyesi Salih TUNCAYSHMYO - Gıda Teknolojisi / Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP) Koordinatörü
- Arş.Gör.Dr. İrem Gülfem AKIN
MDBF / Moleküler Biyoloji ve Genetik (İngilizce)

